胃里长间质瘤需要进行手术切除，部分患者还应当结合放化疗。胃间质瘤有一定的恶变可能性，因此在确诊疾病后应及时进行手术治疗。小于2cm的胃间质瘤可以采用微创手术的方法进行处理，这种手术方法对患者造成的损害比较小并且术后恢复比较快。但是部分胃间质瘤的患者会突出于浆膜之外，这类患者应当考虑使用腹腔镜手术治疗。
腹腔镜能够完整的将肿瘤切除，对人体的副作用也相对比较少。在手术切除后还需要对胃间质瘤进行病理切片检查，有恶变可能性的患者除了需要进行胃癌根治之外，还应当将胃部周围的淋巴组织进行清扫以免癌细胞出现扩散的现象，必要时需要对患者进行放化疗以及生物靶向治疗，减少体内癌细胞的繁殖和复制。