长期吃吗丁啉会出现腹部痉挛、口干、皮疹、头痛、腹泻、神经过敏、倦枕嗜睡、头晕等不良反应，由于吗丁啉会引起血清泌乳素水平升高，导致溢乳、男子乳房女性化等情况的出现，因此不建议长期吃吗丁啉。
吗丁啉属于胃肠促动力药类非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程合理使用比较安全，但长期或者过量服用会增加不良反应发生的频率和程度，给身体造成伤害，药物过量的症状包括兴奋、惊厥、定向障碍、嗜睡和锥体外系反应。如服用过量或出现严重的不良反应，应立即就医。如正在服用其他药品，为防止药物相互作用影响治疗，使用前请咨询专业人士。