甲硝唑是硝基咪唑类的第一代产品，替硝唑是硝基咪唑类的第二代产品，甲硝唑相对于替硝唑吸收相对缓慢，作用强度不如替硝唑，替硝唑吸收比较快，而且作用比较强，半衰期比甲硝唑也要延长。甲硝唑一般是九个小时，替硝唑半衰期是12-14个小时，半衰期延长可以减少患者的给药次数，增加患者的依从性，提高患者的疗效，减少病情的复发。
因此替硝唑相对治疗效果比甲硝唑要好一些，相对的副作用也比较少，而且也比甲硝唑引起的副作用轻，多数患者可以不通过特殊的处理，可以自行缓解，副作用包括消化道的症状或者头晕、头疼，口腔有金属味，不需要特殊的处理，所以两者总体来说替硝唑比甲硝唑起效快、作用强，而且复发的患者相对比较少。