小三阳是否能够治好，取决于患者的年龄、病程以及所选用的抗病毒药物的种类。如果是急性乙肝，儿童时期感染通常不能够治好，多转为慢性。但如果是成年人感染急性乙肝，95%的人可以彻底治愈，表面抗原阴转，极个别的患者转为慢性。
如果是慢性乙肝，HBV-DNA阳性，选择的抗病毒药物如果是干扰素类，有一部分患者可以实现表面抗原的阴转，但多数患者不能治好，需要长期用药，如果长期用药不能够选择干扰素，可以应用核苷类似物。如果一开始就选择核苷类似物治疗，能够治好的患者寥寥无几，仅有极个别的患者可能实现表面抗原阴转，绝大多数需要长期应用核苷类似物抗病毒治疗。