肛门溃疡不能自愈，需要进行相对应的治疗才可以。如果由于肛裂导致，需要使用马应龙痔疮膏进行局部涂抹，可以起到消肿止痛、去腐生肌的功效，有助于裂口的恢复，在配合口服阿莫西林胶囊治疗，1个星期左右就可以逐渐恢复。如果由于肛窦炎造成，需要使用高锰酸钾溶液稀释之后进行坐浴，可以起到消炎止痛的功效，再配合局部涂抹红霉素软膏，效果也不错。如果由于炎性痔疮引起，可以口服痔速宁片、槐花散、消痔丸等，在配合使用肛泰痔疮膏或者云南白药痔疮膏进行治疗。所以肛门溃疡是需要使用药物治疗才可以，基本不可以自行痊愈。