抑郁症的治疗首选的一线药物是新型抗抑郁药，SSR2类药物。这些药物副作用比较少，但是也各有不同的副作用，比如氟西汀有可能出现一些胃肠道的反应或者出现性功能的问题。
帕罗西汀有可能出现抗胆碱能的作用，也有相应的胃肠道的影响，比如恶心或者其它的反应，也有一定的性功能障碍的反应。
舍曲林也有胃肠道的反应，也有相应的性功能问题等等。所有的这些药过量都容易有一些毒性，但是一般的治疗剂量药物副反应还是比较少。
其它的抗抑郁药，比如三环类的抗抑郁药，因为副作用比较多，心血管的副作用以及其它抗胆碱能的副作用等，现在应用的已经明显少了。另外，有一些新型的抗抑郁药，也有相应的副作用，还能够忍受。