宫颈囊肿又称宫颈腺囊肿，是宫颈转化区生理改变的结果，所以大部分女性都会有宫颈囊肿。宫颈囊肿是宫颈转化区中，鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或者深入腺管，将腺管口阻塞，导致宫颈腺体分泌物受阻，潴留形成囊肿。
在镜下可以见到囊壁被覆盖的扁平宫颈黏膜上皮覆盖，检查时可以见到宫颈表面突出多个青白色的小囊泡，内含无色黏液，是一种生理性改变的结果，而非炎症，所以宫颈腺囊肿一般不需要治疗。宫颈腺囊肿的意义主要在于，提示囊肿所在处为原始鳞柱交界的起始部位，用于进行宫颈锥切时标记性部位，以及做宫颈癌筛查时取材的部位。