扁桃体结石很多时可以用温盐水漱口，有助于清除口腔细菌，缓解扁桃体不舒服的症状。
此外注意清淡饮食，增强自身抵抗力，局部治疗可以用棉签把结石刮出来，动作要轻柔，避免刺伤扁桃体，防止出现扁桃体的出血或者感染。
另外可以定期使用口腔清洗器消除扁桃体的结石，需要注意清洗手段要温和，压力不要过高。
对于药物治疗，当扁桃体结石合并扁桃体炎时，应该短期应用抗生素来缓解症状，漱口水漱口可以杀菌，减少细菌所致的结石。另外如果反复发作，结石非常多，引起了口臭等不舒服的症状，可以考虑手术切除。