莫匹罗星软膏主要是可以用于皮肤感染性疾病的治疗，是局部使用的外用药物，局部应用没有明显的不良反应，常见的不良反应发生率是比较低的，患者可能会出现局部灼烧感，也有患者可能会出现瘙痒、红斑以及皮肤干燥等副作用。一般症状都是比较轻的，通常是不需要停用药物的。
除此之外，如果患者出现了严重的皮肤刺激，应该及时停止使用，并且要将软膏擦拭干净，同时及时尽快到医院就诊，在使用时需要注意患者对莫匹罗星或者含有聚乙二醇软膏过敏的患者禁止使用，同时对于感染面积比较大的患者，一定要及时到医院就诊，不能够只是自己使用这个药物。
总之，莫匹罗星软膏是比较安全的外用抗菌药物，一般没有明显的副作用。