苍耳子可以治疗鼻窦炎，而且是现在治疗鼻炎、鼻窦炎的主要药物成分。因为苍耳子本身的作用是通窍，可以减少鼻腔黏膜的充血、水肿。但是苍耳子一般是和辛夷花以及其他中成药物配合治疗，比如切诺以及欧马龙滴剂口服。
患者病情严重时还需要配合阿莫西林胶囊口服，以及喷鼻子的药物内舒拿或者辅舒良。苍耳子单独应用时，一定要注意将其炮制或炒熟，不能生用，否则其毒副作用很大，长期应用苍耳子对肝肾功的副作用也很大。