沙眼衣原体感染并不是非常难治疗的疾病，可以选择敏感的抗生素进行针对性的抗感染治疗，一般常选择的药物是四环素类或大环内酯类的抗生素，不过治疗疗程要求相对比较长，一般局部用药需要大约10-12周的时间。
一旦发现有沙眼的症状，应立即去医院的眼科就诊，在医生的指导下进行检查明确之后，尽早给予抗感染治疗干预。
在早期可以选择局部用药，比如用利福平滴眼液或者是新霉素滴眼液，如果症状比较严重还需要考虑全身性的用药，比如口服红霉素，全身用药的疗程一般是3-4周，还要注意保持局部的清洁卫生，加强营养支持，提高机体的免疫力。