角膜云翳和斑翳的差别是角膜各种病变造成的角膜瘢痕不同程度的差别，相对来说角膜斑翳比角膜云翳病情更重，混浊程度也更重，它们的鉴别诊断是通过眼科医生利用裂隙灯检查角膜的透明性来做出的。
如果在裂隙灯检查中，透过角膜的混浊仍然能看到虹膜的纹理，就称为角膜云翳。如果透过角膜的混浊部位，看不到虹膜的纹理，就称为角膜斑翳。不管是角膜云翳还是斑翳，如果都发生在瞳孔正中心，都会影响到视力，不过角膜斑翳相对云翳来说对视力的影响会更明显。