两个月的婴儿胃食道反流，通常根据以下几种情况进行治疗：
一、如果没有其他临床症状，只是因为生理性胃食道反流，通常注意喂养方式，改为少量多餐的喂养，喂奶后竖立抱半小时以上才能躺下，睡觉的时候适当抬高头、颈、肩部，减少反流的机会和症状即可。
二、如果婴儿胃食管反流伴有其他临床症状，比如有湿疹、消化道症状，腹泻、呕吐，通常除了以上处理之外，还要考虑到孩子可能存在牛奶、蛋白过敏，或者与母乳饮食相关食物过敏的情况，应该饮食回避或者替代饮食治疗，比如牛奶蛋白过敏的宝宝，可以喝深度水解或者完全水解蛋白奶粉。
不管以上哪种情况，都可以给宝宝在餐后半小时服用益生菌，调理肠胃功能。