小三阳和大三阳的区别其实主要在于E抗原系统，大三阳是表面抗原阳性，E抗原阳性、核心抗体阳性，而小三阳是表面抗原阳性。E抗体阳性和核心抗体阳性，两者的区别点是大三阳是E抗原阳性，小三阳是E抗体阳性，而表面抗原和核心抗体两者完全相同。
大三阳的患者如果没有经过治疗，一般情况下HBV、DNA是阳性的，有病毒复制，具有传染性。小三阳分为两种情况，一种是HBV、DNA是阳性的，一种是HBV、DNA是阴性的。如果DNA是阳性的也具有传染性，而且可以损伤肝脏，一旦出现转氨酶升高需要抗病毒治疗。DNA阴性的小三阳患者一般不损伤到肝脏，需要定期复查，一般不需要抗病毒治疗。但是，将来如果需要应用到免疫抑制剂、化疗药物，需要抗病毒治疗，防止病毒被激活。