灰指甲治疗目前常用的是规范口服抗真菌药或者配合外用抗真菌药，灰指甲学名为甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病，甲真菌病由于甲板角化，药物不易透入，一直是治疗的难点，近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有了很大的进展。甲真菌病的治疗可以口服药物、外用药物或手术拔甲，手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约需要300天，因此治疗灰指甲必须要有耐心。
口服药物适合于多个指甲，可以口服特比萘芬片、伊曲康唑或氟康唑，连续口服四个月以上，可以治愈80%以上的甲真菌病。由于这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，应定期监测药物的不良反应。外涂药物目前常用的有30%的冰醋酸、特比萘芬酊、阿莫罗芬甲搽剂、环吡酮胺酮甲涂剂等外用治疗灰指甲的外涂药。