心脏射频消融术是风险较低的手术，但不可否认的是在手术以及手术后，可能会存在着一定的并发症。对于穿刺可能存在一些并发症，如局部血管损伤，包括靶血管以外的血管损伤、局部血肿、动静脉瘘，以及假性动脉瘤、气胸、穿刺部位的神经损伤等等。
另外，对于消融术中也可出现相应的并发症，如瓣膜损伤、血管夹层、心肌穿孔、心脏压塞事件的发生，以及心房、食管瘘等等，对于消融术中还可出现房室传导阻滞等情况。消融术后可能存在着一定的并发症，如下肢静脉血栓形成、血栓性静脉炎等等。对于心脏射频消融术，术前、术中、术后相关并发症的发生可控。