单心室是一种罕见的先天性疾病，但并非是遗传疾病，所以不会遗传给下一代。
小儿患单心室是由于在母体内发育异常引起的，孕妇在接触外界辐射、某些化学物质，或孕妇在怀孕期间患免疫及感染、营养不良等疾病，甚至是生活习惯不良等，这些因素都有可能使胎儿基因表达异常，或缺乏生命必需营养物质（氧气、氨基酸等），导致胎儿心脏发育受到干扰，不能正常形成室间隔而引起。
但是单心室不会改变基因序列，所以患儿在染色体及基因水平上无异常改变，所以该病不属于遗传性疾病。