小檗碱主要可以用于治疗胃肠道感染，药物副作用比较小，偶尔患者可能会出现恶心、呕吐等胃肠道反应。另外，个别患者可能会出现皮疹或者药物热，通常副作用在停药之后就会消失。
另外需要注意的是，对于溶血性贫血患者，以及葡萄糖-6-磷酸脱氢酶患者禁止使用。对于妊娠期的前三个月，也需要谨慎使用。小檗碱药物在使用过程中，如果出现其他副作用，建议及时咨询医生或者是药师。含有鞣质的中药与该药物合用，可能会生成难溶性的乳酸盐沉淀，从而降低疗效，因此不建议和含有鞣质的中药同时使用。总之，小檗碱副作用比较小。