胆汁反流性胃炎的主要原因是含有胆汁的十二指肠内容物反流到胃，对胃黏膜产生了侵蚀作用，造成胃黏膜慢性炎症改变。其常见的原因有幽门结构的异常，比如胃部手术切除之后，导致幽门失去了正常的结构，提示十二指肠括约肌功能失调，以及幽门、胃窦、十二指肠协调障碍，会导致胃肠蠕动功能紊乱、胃排空延迟、幽门开放、十二指肠逆蠕动增多，导致胆汁反流到胃。
胆系的疾病也会导致胆汁反流，比如胆石症、胆囊切除术后以及胆囊炎，都会影响胆汁的正常分泌，导致胆汁反流到胃。精神心理因素也是胆汁反流性胃炎的主要原因，比如精神抑郁会导致胃排空延迟，或者情绪的异常波动，也会影响胃肠激素的合成与释放，引起胃肠功能紊乱，导致胆汁反流入胃，造成胃黏膜损伤。除此之外，胆汁反流性胃炎的发生还与胃轻瘫、幽门的压力降低等因素密切相关。