通常以下几种情况选择做免疫组织化学染色：
第一、用于鉴别诊断肿瘤的组织学类型。在临床中一些低分化或未分化的恶性肿瘤，由于肿瘤细胞缺乏分化特征，常常难以判断其组织学类型，因此需要做免疫组织化学染色来鉴别诊断。
第二、辨别转移性肿瘤的来源。应用免疫组织化学染色技术确定恶性肿瘤的组织来源，例如甲状腺球蛋白提示肿瘤来自甲状腺，表达前列腺特异性抗原提示肿瘤来自前列腺。
第三、用于检测肿瘤细胞表达的激素及其相关蛋白，诊断和分类内分泌肿瘤和神经内分泌肿瘤，或确定非内分泌系统肿瘤的异常激素分泌功能。
第四、用于恶性淋巴瘤和白血病的诊断和分型。
第五、可以通过免疫组织化学染色提示增生细胞的良、恶性，或者评估肿瘤的生物学行为。