甲状腺功能减退症有一定的遗传倾向性，但不是绝对能遗传。特别是对于一级亲属中有自身免疫性甲状腺疾病的人群，患甲状腺功能减退症的概率比较大，但并不是所有的患者都存在遗传。目前临床上对于甲状腺功能减退症的发病机制不是十分的明确，但公认的发病因素与甲状腺自身的免疫反应有关，而这个自身免疫抗体的产生，常常有遗传易感因素的存在。以遗传因素为背景，在感染、毒素、药物、应激等诱导因素的作用下，引起了机体免疫功能紊乱，从而导致疾病的发生。
一级亲属中有甲状腺功能减退症的高危人群，尤其是患有自身免疫性疾病的孕妇，孕期没有控制好甲状腺功能减退症的症状，有遗传给孩子的可能，会使患甲状腺功能减退症的概率增加。所以甲状腺功能减退症的患者在孕期、避孕期间应该特别注意检查甲状腺的功能，根据结果进行相应的治疗，或者等待甲状腺功能正常时再计划怀孕。此外，孕妇的甲状腺功能减退没有很好地控制，也会影响孩子的智力发展。另外，桥本甲状腺炎所导致的甲状腺功能减退可能会遗传性，如果母亲甲状腺功能减退症是由甲状腺激素合成障碍引起来，也可能有遗传性。