治疗扁平疣有效的方法，要注意综合治疗。
第一、外用上，由于扁平疣是病毒感染，有较明显的疣体，所以应在去除疣体的基础上，使用一些抗病毒药膏，比如白天用重组人干扰素α-2b凝胶，晚上涂一次维A酸软膏或他扎罗汀乳膏。
第二、口服上，抵抗力低的时候扁平疣容易反复，建议口服脾氨肽口服液、皮康口服液等提高免疫力。
第三、对于难治性扁平疣，可以考虑二氧化碳激光、液氮冷冻的方法治疗，还可以考虑光动力治疗。
第四、生活上，注意不熬夜，保证规律作息，多吃一些薏米等有抗病毒效果，注意消毒贴身物品。