自慰后阴茎可能会出现疼痛，如果自慰过度频繁或者自慰的力度过大，则可以造成阴茎疼痛，甚至可以出现龟头、包皮等部位的水肿。这些都是因为过度刺激造成局部血液循环障碍，而导致淤血性水肿出现的局部疼痛，停止相关的刺激，休息以后疼痛可逐渐减轻。
如果在阴茎勃起状态下过度用力进行自慰，可以出现阴茎白膜的损伤而造成白膜破裂或者出现阴茎白膜出血等，都可以造成疼痛。频繁的自慰造成海绵体损伤，也可以造成海绵体硬化，会出现勃起后疼痛或者出现阴茎体疼痛等症状。
自慰过程中如果造成局部污染或者造成尿道炎等，都可以导致阴茎疼痛，同时可伴有排尿异常或者尿道口流出脓性分泌物等，这些原因都会导致阴茎疼痛。