目前由于口腔扁平苔藓病因不清楚，所以也没有特别有效的治疗的药物。临床上常用的药物如下：
一、激素，可以口服激素或者是外用激素膏，常用的激素有地塞米松、波尼松，可以口服，也可以用膏体进行创面的外用。
二、可以用一些免疫调节剂，比如雷公藤片或者氯喹，这些都可以调整免疫功能。调整好免疫功能，有可能对口腔扁平苔藓起到一定的治疗作用。
三、可以用抗真菌的药物，有的人认为扁平苔藓和真菌感染有关，所以应该先进行真菌的检查，可以做真菌刮片，看看有没有孢子或者是菌丝，如果有，可以用抗真菌药，比如酮康唑、制霉菌素膏等等。
四、可以采用中医中药治疗，需要到正规医院的中医科，或者是大型的中医院进行中医中药调理。