结膜炎是眼科最常见的疾病之一，其致病原因可以分为微生物性和非微生物性两大类，根据不同来源可分为外源性和内源性，也可因邻近的组织炎症蔓延感染所引起。结膜炎最常见的原因是微生物感染，致病微生物可以为细菌，例如肺炎球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、淋球菌等，病毒如单纯疱疹病毒，或衣原体，偶见真菌和立克次氏体和寄生虫感染。
物理刺激因素包括如风沙、粉尘、紫外线等，除此之外化学性损伤也可以引起结膜炎，例如医用药物、酸、碱或者有毒气体等。此外部分结膜炎是由免疫病变所引起，例如外界的粉尘、颗粒、动物皮毛等。