胃、十二指肠溃疡最常见的症状是疼痛，胃、十二指肠溃疡其它症状，包括烧心、反酸、嗳气、恶心、呕吐等等。疼痛有如下特点，即长期性、周期性、节律性。由于溃疡发生后可自行愈合，每次愈合后又会复发，故常有上腹部疼痛的长期反复发作的特点。另外，上腹部疼痛常呈反复周期性发作，尤其以十二指肠溃疡更为突出。
溃疡疼痛与饮食之间有明显的相关性，十二指肠的疼痛常在两餐之间发生，持续不减，直到下餐进食后或者服用抑酸药后缓解。还有一部分十二指肠溃疡的患者，由于夜间的胃酸分泌过多，在睡前又有进餐，可在半夜发生腹痛，称为饥饿痛和夜间痛。胃溃疡疼痛比较不规则，常在餐后一小时内发生，经过1-2小时逐渐缓解，直至下次进餐后再出现上述规律，称为餐后痛。两者疼痛多呈钝痛、灼痛和饥饿样痛，轻者可耐受，但持续剧痛要考虑溃疡穿孔。