肛窦炎一般采用保守治疗通常可以获得症状的缓解与痊愈，主要是采用温水或者1:5000的高锰酸钾坐浴，或者配合口服头孢类的抗生素，必要时可以配合抗厌氧菌的抗生素，比如甲硝唑。
肛窦炎其实就是肛窦因为积聚粪便，继发细菌感染所引起的局部炎症。严重时可以引起肛乳头肥大，甚至直肠感染直肠炎、肛周脓肿。所以治疗上一般来说主要采用保守治疗，养成定时排便的良好习惯，每日排便以后需要以温盐水坐浴或者温水坐浴，或者以1:5000高锰酸钾坐浴。坐浴时要让肛门充分放松，让直肠肛管黏膜充分接触到坐浴液体才能达到治疗的作用。同时如果局部充血炎症比较严重时，可以口服头孢类的以及抗厌氧菌的药物，从而达到治疗的目的。一般来说，绝大多数患者经过养成良好的饮食与排便习惯，还有局部治疗，口服抗生素通常可以获得症状的缓解与治愈。