整肠生主要是用来治疗腹泻，对于肠道菌群失调所致的便秘也可以起到一定的辅助作用。整肠生的有效成分主要是地衣芽孢杆菌，可以消耗氧气，从而制造益生菌生存所需要的厌氧环境，同时消灭和抑制肠道内的细菌和病毒，所以临床上整肠生一般用于治疗肠道的急、慢性炎症，可以缓解腹泻的症状。但是如果过量使用或者疾病痊愈后仍然使用，可能会导致便秘。
如果是因为肠道菌群失调而导致的便秘，整肠生可以起到辅助治疗的作用。治疗便秘的药物可以根据病情选择，尽量选择刺激性小、依赖性小的药物，同时必须注意饮食调节，养成良好的饮食习惯和生活习惯，要多喝温热的开水，多吃新鲜的蔬菜和水果。