治疗小儿消化不良的药物主要见于：1、消化酶制剂，主要常见的有胃蛋白酶颗粒、复方消化酶颗粒以及胰酶片等。主要作用是针对小儿消化酶缺乏导致的腹胀、恶心以及食欲减退等消化不良症状。2、胃动力药物，主要有多潘立酮、莫沙必利等，主要用于小儿胃肠道功能减弱或者功能紊乱导致的消化不良。3、益生菌制剂，主要有双歧杆菌、乳酸菌、枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌颗粒以及布拉氏酵母菌散等，主要用于小儿肠道菌群失调导致的腹胀、恶心、食欲减退以及腹泻等消化不良。4、中成药制剂，如健胃消食片、大山楂丸、鸡内金散、保和丸，其主要作用是消食导滞，改善消化不良。