寻常疣的治疗首选是物理治疗，像二氧化碳激光、液氮冷冻，而不是药膏治疗。因为寻常疣是人乳头瘤病毒——HPV感染导致的，这种病毒没有特效药，所以治疗以物理治疗为主。
也有一些外用的药物，会对寻常疣有一些作用，比如说像鬼臼毒素、维甲酸类的药物，或者是咪喹莫特。但是主要用在一些皮肤比较薄嫩，皮损比较小、比较少的情况下。如果皮损已经长的比较大非常粗糙、角化很厚，外用药物一般治疗效果不好。所以寻常疣的治疗，主要以物理治疗为主。