肥厚型心肌病一旦形成，需要尽早的应用改善流出道梗阻的药物，如β受体阻滞剂中美托洛尔，钙离子阻滞剂中维拉帕米，也可以应用候选药物，如丙比胺等。肥厚型心肌病可以诱发出现心力衰竭的问题，需要规律应用抑制心肌重构的药物，如血管紧张素转化酶抑制剂中依那普利，醛固酮受体拮抗剂中螺内酯等。
如果同时合并心房颤动的问题，需要规律应用胺碘酮减少房颤的发作，永久性房颤可以考虑应用美托洛尔控制心率，需要常规应用抗凝的药物，预防出现动脉栓塞等。如果出现严重流出道的梗阻，并且应用药物效果不佳，建议尽早的进行手术处理。