肛周脓肿的患者通过消炎药治疗，最好选择敏感的抗生素，临床上常用的药物有青霉素、庆大霉素、链霉素、磺胺类药物，也可以选择广谱的头孢类抗生素，包括口服的头孢克洛、头孢克肟，最好加用抗厌氧菌的甲硝唑片，这些药物都能够针对肛周脓肿有效的抑制炎症，减轻痛苦。
在肛周脓肿服用消炎药治疗抗感染的同时，也应该口服缓泻剂，包括石蜡油，减轻患者排便时引起的疼痛。
也可以配合温水坐浴、微波理疗等方案，这些方案综合应用之后，对肛周脓肿能够起到非常好的治疗效果。肛周脓肿形成比较明显者保守用药效果不理想时，也可以选择脓肿切开引流。