小金丸属于中成药，不良反应是偶见患者出现恶心、呕吐等胃肠道反应。饭后服药会减少药物对胃肠道的刺激，降低药物不良反应的发生率。极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。
小金丸是由人工麝香、木鳖子、制草乌、枫香脂、醋乳香、醋没药、五灵脂、酒当归、地龙、香墨组成的纯中药制剂，内含草乌，有毒性，不可以长期使用，长期或者过量使用可能会给肝肾造成伤害。此药属于处方药，必须在医生指导下合理使用，不可以擅自更改用药剂量和疗程。如果正在服用其它药物，为防止可能发生药物相互作用，请告知医生，注意，孕妇禁用。