口腔黏膜疾病多是由于维生素和微量元素缺乏导致，因此可以服用复合维生素片、维生素C片、维生素B片、维生素E，以及补铁和补锌的制剂，如葡萄糖酸锌口服液。机体上火也会导致口腔黏膜疾病，比如口腔溃疡的发生，因此可以服用清热祛火的药物，如龙胆泻肝丸、清火栀麦片、牛黄解毒片等。
疱疹病毒感染也会引起口腔黏膜起疱和溃疡，可以服用抗病毒口服液或板蓝根颗粒进行抗病毒治疗。如果是患有扁平苔癣或者天疱疮，这两种疾病主要是由于免疫功能紊乱引起，需要在医生的指导下服用激素类药物治疗。如果是由白色念珠菌感染引起的真菌性口炎，需要用碳酸氢钠水溶液漱口或服用制霉菌素片，进行抗真菌治疗。