头孢曲松可以治疗淋病，近年来对广谱头孢菌素敏感性下降和耐药的淋球菌，在全球多个地区出现。世界卫生组织、美国疾病预防控制中心及欧洲的治疗指南中，都推荐头孢曲松与阿奇霉素联合治疗淋病。
临床上需注意耐药菌株感染、密切观察疗效以及及时调整治疗方案，防止治疗失败。淋病中常用的药物还包括大观霉素以及头孢噻肟，在应用头孢曲松、大观霉素以及头孢噻肟时应该注意，若不能排除患者有衣原体感染，应加用治疗沙眼衣原体感染的药物，如多西环素、头孢西丁等，可用于淋菌性盆腔炎的治疗。