肛门脓肿的手术从几分钟到几个小时不等，要根据肛门脓肿的位置、大小具体决定。如果是比较表浅的肛门脓肿，一般在局麻下通过切开引流，用止血钳将脓腔彻底分离引流，可能需要的时间就几分钟。
如果是比较深部的肛门脓肿，常规需要硬膜外麻醉局部切开，逐层找到脓肿的脓腔，然后将脓腔里的脓液尽量擦洗、灌洗干净后留置引流管，也可以采取介入下超声引导下的肛门脓肿深部穿刺引流术。