氟康唑是一种抗真菌药物，使用之后有可能出现副作用，最常见的包括头痛、腹痛、腹泻、恶心、呕吐等。还有可能会出现肝脏的副作用，包括肝功转氨酶的异常增高，以及致死性的肝毒性。
如果用药之后患者出现了严重的乏力、食欲减退、持续恶心、呕吐和黄疸，提示有可能出现了肝脏的副作用，应立即停药。使用氟康唑还有可能会出现严重的皮疹，包括剥脱性皮炎和中毒性表皮坏死松解症，如果出现这样的情况，应立即停药。
使用氟康唑还有可能会出现严重的心血管事件，也就是尖端扭转性室性心动过速。为了避免这种风险，禁止氟康唑与下列药物同时使用，如西沙必利、阿司咪唑、奎尼丁、红霉素等，这样能够减少引起尖端扭转性心动过速的风险。