抑郁症是发作性的疾病，自闭症是持续性的疾病，两者临床表现、治疗、预后都是有区别。临床表现，抑郁症是发作性的疾病，发作的时候表现是情绪低落、思维缓慢、活动减少、失眠、食欲下降、体重下降、性欲下降、有消极的想法和消极的行为，这些症状是阶段性，经过治疗症状能够缓解，但是在某种情况下会再发。抑郁症缓解以后，对工作、学习，以及社会交往能力基本正常。
自闭症患者往往是发病于婴幼儿时期，出现语言功能障碍，不会用语言与别人交流，不会表达自己的思想。是因为交往能力障碍，不能与小伙伴在一起玩耍，不能与父母建立正常的依恋关系，会出现刻板行为动作，经常一个动作在一个地方待很长时间，智力方面存在障碍。这些症状治疗效果不好，没有什么特别好的治疗方法，通常需要经过康复训练能够部分改善症状，这就是两者在治疗上、病程表现上面的区别。