甲胎蛋白正常不能排除肝癌，同样单凭一个甲胎蛋白升高也不能诊断肝癌。甲胎蛋白是临床筛查原发性肝癌的重要指标，但在原发性肝癌患者中的阳性率仅有70%-80%，说明有20%-30%的患者甲胎蛋白没有明显升高，切不可根据甲胎蛋白阴性，而武断的排除肝癌诊断。要根据患者症状、体征、病史、影像学、病理学检查等，综合判断以确诊。
还有部分非肝癌患者出现甲胎蛋白升高，要注意甄别，如妊娠期、活动性肝炎恢复期、胚胎源性肿瘤、胃癌、胰腺癌等，也会出现甲胎蛋白的升高，同样要给予综合检查来进一步排除，并指导患者动态观察病情变化。当遇到甲胎蛋白升高时，切不可盲目的相信肝癌发生，造成严重的心理负担，要在医生的指导下，给予检查、治疗、干预，促进身体康复。