男性不孕不育的原因有很多种，先天性原因包括睾丸发育异常、隐睾、输精管缺如。后天性包括泌尿感染，比如前列腺发炎、附睾炎、精囊炎也会导致不育；后天性的睾丸扭转、睾丸肿瘤以及睾丸炎，也可能导致睾丸萎缩，生精功能有异常；阴囊内有鞘膜积液，精索静脉曲张，也会导致男性不孕不育。内分泌异常，最常见的就是腺垂体功能不全，甲状腺功能亢进或者减退以及卡尔曼综合征也会导致不孕不育。一些遗传性因素，比如Y染色体缺陷，纤毛不动综合征也会导致。长期喝酒，吸烟，营养不良，滥用药物，肥胖也会导致不孕不育。