乳酸菌素片属于非处方药，上市后的不良反应报告显示，按照说明书推荐的剂量和疗程辨证合理使用还比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者服药后出现恶心、胃部不适等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
对于出现胃肠道不良反应的患者，可以饭后服药，以降低不良反应的发生率。罕见患者出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。但过量或者长期服用会增加不良反应发生的频率和程度，会引起腹痛、腹泻等胃肠道功能紊乱的现象。如服用过量或发生严重不良反应时，应立即就医。服药的时候宜用温水送服，水温一般以不超过40℃为佳。