肠病的分类有很多种，有根据部位分的，比如是大肠疾病，还是小肠疾病，目前一般分为功能性，或者器质性肠病。功能性肠病，有肠易激综合征、功能性腹胀、习惯性便秘等；器质性肠病，有溃疡、梗阻、肿瘤。肠道炎症可以分为小肠炎症，和大肠炎症；还可以分为感染性肠炎，或非感染性肠炎，感染性肠炎，引起的原因有细菌、病毒、真菌等。溃疡，又叫炎症性肠病，这种肠病分为两个比较有特点的疾病，一个叫溃疡性结肠炎，另一个叫克罗恩病。肠梗阻可以分为高位梗阻，和低位梗阻，高位梗阻属于小肠梗阻；低位梗阻又叫结肠梗阻。肿瘤也分为小肠，和大肠两种病位，小肠的有小肠间皮瘤、淋巴瘤；大肠的肿瘤，可以根据不同部位，分为不同的肿瘤，而肿瘤又分为良性和恶性，还有一部分跨学科肠病，比如肠型白塞氏症，和肠结核等。