任何治疗都有可能带来一些副作用，男性的结扎术也不例外，副作用主要包括近期和远期两大类，常见近期的副作用包括出血与血肿、感染、痛性结节、附睾淤积症，以及性功能障碍，总体发生率在2%左右，发生率与医生的经验有关，手术以后大约50%的人会经历阴囊肿胀、瘀斑和疼痛，但症状大多数比较轻微，多在1-2周之内自然缓解。
只要严格按照操作规范手术、经验比较丰富，并发症或者副作用都会出现的比较少，甚至可以避免，对于远期的副作用，主要有可能会出现一些睾丸生精小管的改变，附睾出现精子肉芽肿，部分输精管结扎术以后的人，会在血清中检测出抗精子的抗体。另外，还会牵扯到复通和复孕的问题，由于各种原因如果结扎以后需要恢复生育，就会涉及到输精管吻合术，这种手术的成功率并非100%，所以在决定做结扎术之前，也应该考虑清楚。