滤泡性结膜炎总的来说是一种变态反应性结膜炎，也就是人们常说的有点偏向于免疫因素引起的结膜炎，这种结膜炎因为不是感染性因素引起的，所以表现出来的症状主要是比较痒，然后有分泌物，还会有铺路石样的滤泡改变。
针对滤泡性结膜炎，通常使用比较偏向于治疗过敏性的结膜炎的眼药水，通常会使用抗组胺类药或者是肥大细胞稳定剂，在临床上最常使用的此类的眼药水像奥洛他定眼药水、色甘酸钠眼药水或者是依美斯汀眼药水，这些眼药水都能有效地改善滤泡性结膜炎的症状，但是滤泡性结膜炎既然是过敏反应引起的，所以最根本的因素还是要找到过敏原是什么。如果能找到过敏原，可以杜绝下一次的密切接触，可以杜绝下一次的反复发生，但如果找不到，只有用前述的眼药水来进行对症的治疗了。