唇腭裂具体发病原因不太清楚，从发病因素来看，其中有遗传因素，即父母亲有唇腭裂，孩子唇腭裂发生率会高很多。但也有营养不良、缺叶酸等因素影响，还有一些环境因素，以及在孕早期病毒感染，出现感冒等，都会有唇腭裂的发生。
唇腭裂手术通常唇裂和腭裂要分开做，一般在4-6个月就可以做第一次唇裂修复手术，腭裂一岁半左右做手术。不同时期由不同学科进行部位的修复，包括正畸、正颌和发音、语音训练，都在不同时期由不同专科共同完成，也是唇腭裂序列治疗的手段，能达到比较好治疗唇腭裂的效果。