当进行普通肠镜检查有一定痛苦，即有腹痛、腹胀的表现。而采用无痛肠镜检查方式，患者无明显疼痛感觉。
肠镜检查方式是将肠镜设备伸入到直肠、结肠中，检查过程中需间断注入气体到肠腔内以便于观察。因肠腔迂曲，在进镜过程中会有旋转镜身以及勾拉肠道的操作动作，会因牵拉肠管及肠系膜，从而出现腹痛、腹胀的表现。因此，在做普通肠镜检时，一部分人会有明显腹部疼痛，尤其是有腹部手术史及较消瘦患者，肠管迂曲更加明显，检查过程中疼痛可能会更加严重。而无痛肠镜是指在麻醉状态下做肠镜检查，患者在睡眠状态下完成，一般无明显疼痛表现。
日常生活中患者在检查前3天应吃无渣或少渣半流质食物。对于怀疑肠道息肉并准备电切除术者，应禁食牛奶及乳制品。另外，在检查前需清洁灌肠，直到排出物为清水为止，并且在检查前3日应停止服用铁剂药品。