新生儿缺氧缺血性脑病最佳的治疗时间段为发病后的六小时之内，需要进行亚低温治疗，目前这是新生儿缺氧缺血性脑病最好也是最有效的治疗方法。但是对于治疗的时间窗有很高的要求，一般在窒息缺氧的六小时之内，要即刻进行亚低温治疗，可以持续72小时之后逐渐复温。当然，如果有亚低温治疗的禁忌症，如循环不好、有出血倾向，或者出生体重不足两公斤，均不能进行此类治疗。
新生儿缺氧缺血性脑病主要是对症治疗，如保持血糖稳定，保持良好的氧合，同时防止惊厥，可以用苯巴比妥钠来进行止痉等对症治疗。如果新生儿缺氧缺血性脑病留下神经系统的后遗症，可以进行早期的干预以及康复治疗。
总之，缺氧缺血性脑病在新生儿期比较多见，主要是早期预防。如果一旦发生重度窒息导致缺氧缺血性脑病，一定在治疗窗内进行亚低温治疗，才能取得相对良好的效果。