精神分裂症的手术主要是脑外科的立体定向手术，有研究提示这种手术对于难治性的精神分裂症的阴性症状和阳性症状有一定的效果。方法是对双侧杏仁核、内囊前肢、扣带回多核团联合毁损术。从上个世纪90年代有研究发现，脑立体定向手术的疗效与抗精神病药物治疗效果相似，脑立体定向手术在疗效方面没有明显的优势。2010年以后国内也有一些较大样本的脑立体定向手术治疗难治性的精神分裂症的报道，提示手术疗效较好，对于额叶功能和认知功能的缺陷损害还存在争议。
从教科书上面来说，精神分裂症的发病原因不明，有递质学说、遗传学说、脑发育损伤学说和环境心理因素的影响，书上的治疗原则，目前药物治疗是首选，可以使用物理治疗，包括电休克、经颅磁刺激、脑循环以及康复心理治疗，外科手术治疗远期疗效还不确定。