艾滋病阻断药物比较多，目前有六大类，三十多种药物，药物的副作用也是因人而异，与个人选择抗病毒治疗的药物，也是有一定关系，具体如下：
1、胃肠道症状：是比较常见的副作用，主要表现为恶心、呕吐、食欲下降、腹痛、腹泻、腹胀等，通常症状比较轻微，不需要特殊的治疗。
2、骨髓抑制：如应用齐多夫定，就常会出现白细胞、红细胞、血小板下降，所以在应用齐多夫定时，应该定期地检查血常规。
有些药物还会对肝脏造成损害，出现肝脏的脂肪变性，肝功能异常，所以在应用时也需要定期地进行肝功能的检测。
3、肾脏损伤：长期应用替诺福韦时，就容易出现肾毒性的反应，所以要定期检查肾功和尿常规。
4、神经系统症状：在应用依非韦伦时，还容易出现神经系统症状，如头痛、失眠、头晕等症状。所以在应用依非韦伦初期，要避免高空作业以及驾驶机动车，可以选择在睡前服用。