在太阳穴的位置进行自体脂肪填充，主要的危害就是由于太阳穴位置的血管相对比较粗大，如果在注射的过程中血管进入了脂肪组织，就会引起脂肪的栓塞，这种情况就比较凶险，一般顺着血管的交通就会进入颅内而导致脑血栓的形成。一旦形成这种情况就会导致相应部位功能丧失，比如语言的丧失、听力的丧失、视力的丧失，甚至活动、感觉功能的丧失等等，求美者一定在注射的时候配合医生，防止出现这种不良反应。
同时还有的不良反应就是填充之后，局部形态很难达到平整、饱满的效果，一般都需要2-3次的填充才能达到比较好的效果。还有就是手术之后，作为手术都会有出血、感染的风险，选择正规的医院进行手术是尤为重要的。